U hrvatskom je Podunavlju početak istraživanja rimskih nalazišta pratio građevinske radove u drugoj polovini 18. stoljeća. Među poznatijim su istraživačima toga vremena bili Fr. W. v. Taube, S. Schoenwisner i M. P. Katančić.
Kad je u Slavoniji krajem 19. st. bila uspostavljena mreža muzejskih povjerenika, muzejima u Hrvatskoj počeli su pristizati prvi arheološki predmeti. Budući da je danas hrvatski dio Baranje početkom 20. st. bio u Mađarskoj, neki se podatci o tamošnjim lokalitetima i nalazima mogu pronaći u onodobnoj mađarskoj literaturi.
Početkom 20. st. za stara se nalazišta u istočnoj Hrvatskoj zanimao R. Franjetić. J. Brunšmid, koji u Iloku navodi položaje kasnoantičkih grobalja i vodovod, uz limes u Srijemu spominje položaje rimskih promatračnica u Iloku, Šarengradu i Velikome Renovu.

Baranjski je dio limesa poslije pripojenja Kraljevini Srba, Hrvata i Slovenaca bio pod nadzorom Istorijskoga društva u Somboru i do 1945. je godine ostao u njihovoj nadležnosti. Za 2. svjetskoga rata, mađarski su arheolozi u Baranji istraživali kasnoantičke nekropole, dok je poslijeratnome dobu D. Pinterović tamo prva obavila niz terenskih pregleda, manjih istraživanja i arheoloških nadzora. U šezdesetim je godinama 20. st. izgledalo da istraživanje limesa u Hrvatskoj dobiva snažniji zamah, iako niti tad nije bilo arheoloških iskopavanja, nego terenskih pregleda. No poticaj je istraživanju limesa bilo to što je u ondašnjoj Jugoslaviji 1960. održan Peti međunarodni kongres o limesu. Zbog toga je 1962. osnovan Međuakademijski odbor za istraživanje limesa. D. Pinterović je bila voditeljica istraživanja na hrvatskome dijelu limesa pod okriljem toga programa.
Rezultate istraživanja limesa u Hrvatskoj u Osijeku je 1968. sumirao M. Bulat podijelivši ga u tri pojasa: jedan uz staru obalu Dunava, drugi u njegovu bližem i treći u daljem zaleđu. Poslije su u proučavanje limesa nakratko bili uključeni i stručnjaci iz Gradskoga muzeja Vukovar i Muzeja grada Iloka.
Godine 1975. održan je u Varaždinu znanstveni skup Antičke sekcije Saveza Arheoloških društava Jugoslavije s temom Antički gradovi i naselja u južnoj Panoniji i graničnim područjima. Na znanstvenome skupu Arheološka istraživanja u istočnoj Slavoniji i Baranji u Vukovaru 1981., Bulat je predstavio pregled istraživanja u istočnoj Hrvatskoj u razdoblju poslije skupa u Varaždinu.
Osamdesetih godina 20. st. zamišljeno je bilo osnivanje Muzeja Baranje u Dardi u kojem bi sustavno bila predstavljena povijest te regije. Međutim, materijal je iz tog muzeja navodno izgubljen u Domovinskome ratu. Općenito se do osamostaljenja Republike Hrvatske nije raspolagalo značajnijim podatcima o položaju, veličini niti tipu rimskih lokaliteta uz taj dio limesa.
Poslije 2000. je M. Sanader, profesorica na Katedri za antičku provincijalnu i ranokršćansku arheologiju Filozofskoga fakulteta u Zagrebu, upozorila u više navrata na problematiku vezanu uz istraživanje limesa u Hrvatskoj, ujedno noseći zasluge za njegovo uvrštenje na pristupnu listu UNESCO-a 2005.

Sustavna su arheološka iskopavanja u Republici Hrvatskoj nakon njezina osamostaljenja provedena u Zmajevcu 1999. – 2011. (S. Filipović), Iloku 2001. – 2007. (Ž. Tomičić, M. Dizdar), probna u Sotinu 2009. – 2010. (D. Ložnjak – Dizdar, M. Dizdar, M. Hutinec), a sustavna geofizička istraživanja u Batini, kod Kneževih Vinograda i u Lugu 2010. – 2013. (I. Vukmanić, B. Mušič).
Uz pitanja o limesu u Hrvatskoj, kao i o postupku uvrštenja toga dijela limesa na UNESCO-v popis svjetske baštine, u suvremene je međunarodne tokove danas u potpunosti uključen Muzej Slavonije.