Baviti se istraživanjem limesa u suvremenoj Republici Hrvatskoj, koji je u rimsko doba bio dio tzv. Panonske obale (ripa Pannonica), znači proučavati 135 km dugačko područje uz desnu obalu rijeke Dunav između Batine i Iloka (karta 2.). Polazna su točka u proučavanju Podunavlja rimski zemljovidi Tabula Peutingeriana, Itinerarium Antonini Augusti et Hierosolymitanum, Ptolomeus Geographus, Geographus Ravennas i Notitia dignitatum koji označuju neka mjesta uz limes u Hrvatskoj. Prvi su znanstveni radovi o područja limesa u Hrvatskoj bili putopisi napravljeni za potrebe vojske (L. F. Marsiglijev) ili su rezultat osobnoga entuzijazma (djela M. P. Katančića), a napisani su na njemačkome i latinskome jeziku.
Od šezdesetih je godina 20. st. limes u Hrvatskoj istraživan višekratnim, jednodnevnim obilascima pojedinih lokaliteta. Djelatnici gradskih muzeja uz limes provjeravali su stanje lokaliteta i prikupljali arheološki materijal što je omogućilo uvid u raspored, značaj i ulogu ovdašnjih nalazišta. Uočeno je tada da je niz kastela u Baranji moguće pratiti na 4-6 km zračne udaljenosti dok je ta udaljenost u Slavoniji i Srijemu dulja, i iznosi oko 10 km. Rimskih ostataka dokumentirano je malo jer su prvi kasteli vjerojatno bili napravljeni od drveta i zemlje pa ih je teže locirati. Drugi je razlog erozivno djelovanje rijeke Dunav, a također i to što su u srednjem vijeku nad istim položajima uz Dunavski limes razvijena današnja urbana središta.

Dio je lokaliteta uz limes u Hrvatskoj djelomično istražen; neki su oštećeni rigolanjem, pljačkanjem, urbanizacijom, plinofikacijom itd. Za 2. svjetskoga rata nalazišta u Baranji istraživali su mađarski arheolozi, dok je za Domovinskoga rata dio dokumentacije i materijala s limesa u Srijemu nepovratno uništen. Trenutačno uz limes u Hrvatskoj ne postoji nijedan primjereno predstavljen spomenik koji je moguće posjetiti.
Sustavnim istraživanjima uz limes mogu se smatrati ona koja su bila provedena u Zmajevcu (Mocsolás), Iloku, Batini, u blizini Kneževih Vinograda, te u Lugu. Nove spoznaje o istim položajima omogućuju sondažna arheološka iskopavanja povodom legaliziranja bespravno podignutih objekata. Također, u muzeje danas pristiže mnogo slučajno pronađenih predmeta zaplijenjenih pljačkašima.

Limes u Hrvatskoj dugo nije bio istraživan kao cjelina, stoga niti slika o položajima promatračnica i prometnice koja je spajala ovdašnje vojne položaje nije u potpunosti jasna. U suvremenoj Hrvatskoj više je sustavnih i zaštitnih arheoloških istraživanja bilo provedeno uz limes u Osječko-baranjskoj županiji i taj je njegov dio trenutačno bolje istražen od onog u Vukovarsko-srijemskoj županiji.